Khi anh trai Saud đăng cơ làm quốc vương vào năm 1953, Faisal được phong làm thái tử. Saud lao vào một chương trình chi tiêu lãng phí và thiếu cân nhắc,[1] bao gồm xây dựng một dinh thự hoàng gia đồ sộ tại ngoại ô thủ đô. Saud cũng phải đối diện với áp lực từ Ai Cập láng giềng, vì Gamal Abdel Nasser lật đổ chế độ quân chủ tại đó vào năm 1952. Nasser nuôi dưỡng được một nhóm các hoàng tử bất đồng quan điểm dưới sự lãnh đạo của Hoàng tử Talal, là người đào thoát sang Ai Cập. Lo ngại rằng các chính sách tài chính của Quốc vương Saud đang đưa quốc gia đến bờ vực sụp đổ, cùng với việc quốc vương xử lý các vấn đề đối ngoại theo cách thức không thích hợp, các thành viên cao cấp của hoàng gia và ulema (giới lãnh đạo tôn giáo) gây áp lực để Saud bổ nhiệm Faisal vào vị trí thủ tướng vào năm 1958, trao cho Faisal quyền lực hành pháp rộng rãi.[24] Trong cương vị mới này, Faisal bắt đầu cắt giảm chi tiêu đáng kể nhằm cứu vãn ngân khố quốc gia khỏi bị phá sản. Chính sách thận trọng tài chính này trở thành điểm nhấn trong giai đoạn ông trị vì và khiến ông có tiếng về tiết kiệm trong dân chúng.

Một cuộc đấu tranh quyền lực xảy ra giữa Quốc vương Saud và Thái tử Faisal, và đến ngày 18 tháng 12 năm 1960, Faisal từ chức thủ tướng nhằm phản đối, cho rằng Quốc vương Saud đã ngăn các cải cách tài chính của ông. Quốc vương Saud lấy lại quyền lực hành pháp từ Faisal, và đưa Hoàng tử Talal trở về từ Ai Cập để giữ chức bộ trưởng tài chính.[25] Tuy nhiên, đến năm 1962 thì Faisal tập hợp đủ sự ủng hộ trong hoàng gia để lần thứ nhì trở thành thủ tướng.[24]

Trong giai đoạn này, Faisal với tư cách người đứng đầu chính phủ đã tạo được danh tiếng là một nhân vật cải cách và hiện đại hoá.[1] Ông khởi đầu giáo dục cho nữ giới và trẻ em gái bất chấp kinh ngạc của nhiều người bảo thủ trong tổ chức tôn giáo. Nhằm xoa dịu những người phản đối, ông đã cho phép thành viên của giới lãnh đạo tôn giáo được soạn thảo và giám sát chương trình giáo dục cho nữ sinh, chính sách này kéo dài sau khi ông mất.

Năm 1963, Faisal thành lập đài truyền hình đầu tiên của Ả Rập Xê Út, song việc phát sóng thực tiễn bắt đầu vào hai năm sau đó.[26] Cũng như nhiều chính sách khác của ông, động thái này khuấy động những phản đối mạnh mẽ từ các nhóm tôn giáo và bảo thủ trong nước. Tuy nhiên, Faisal đảm bảo với học rằng các nguyên tắc của Hồi giáo về khiêm nhường sẽ được tuân thủ nghiêm ngặt, và rằng một phần lớn nội dung phát sóng là chương trình tôn giáo.

Thái tử Faisal giúp thành lập Đại học Hồi giáo Medina vào năm 1961. Năm 1962, Faisal giúp thành lập Liên đoàn Thế giới Hồi giáo, tổ chức từ thiện toàn cầu này được tường thuật là kể từ đó nhận được quyên góp hơn một tỷ đô la từ hoàng gia Ả Rập Xê Út.[27]